Räuchern wird oft mit den Begriffen „schwer verdaulich“, „gesundheitsschädlich“ und „krebserregend“ in Zusammenhang gebracht.
Auch die Europäischen Behörde für Lebensmittelsicherheit (EFSA) spricht in Bezug auf das Räuchern von gesundheitsschädlichen und krebserregenden Stoffen. Dabei bezieht sich die Institution allerdings vor allem auf technisch hergestellte künstliche Raucharomen, die Lebensmitteln in flüssiger Form zugefügt werden können.
Bei Selbstgeräuchertem ist darauf hinzuweisen, dass der im Rauch enthaltene aromatische Kohlenwasserstoff Benzo(a)pyren als wahrscheinlich krebserregend eingestuft wird; ein gemäßigter Verzehr gilt jedoch als bedenkenlos.
Vor allem durch zu hohe Temperaturen kann es beim Räuchern im heimischen Ofen oder in der Tonne zum Freisetzen gesundheitsschädlicher Stoffe kommen, weshalb das Kalträuchern allgemein als gesünder als das Heißräuchern gilt.
Auch die Wärmequelle kann für den menschlichen Körper gefährliche Schadstoffe enthalten. Bei der Brennstoffwahl sollten unter allen Umständen Steinkohle, acetylhaltige Heizmittel oder Torf vermieden werden. Auch auf harzende Holzarten (v.a. Nadelhölzer) als Wärmequelle oder Räuchermehl sollte verzichtet werden; sie können allenfalls in geringen Mengen als Aromaspender dienen. Es ist weiterhin darauf zu achten, dass die Hölzer vollkommen naturbelassen sind. Sie sollten weder Reste chemischer Stoffe wie Farbe, Lack oder Öl enthalten noch verschimmelt, verfault oder modrig sein.
Auch beim Herabtropfen von Lake, Pökelsalz oder Fett in das glimmende Räuchermehl können giftige Schadstoffe entstehen, weshalb man keinesfalls auf die Verwendung einer Abtropfwanne verzichten sollte.
Beachtet man diese einfachen Richtlinien, sollte ein moderater Verzehr von Geräuchertem unbedenklich sein. Wie bei vielen Lebens- und Genussmitteln wird auch beim Räuchern ein maßvolles Schlemmen empfohlen.